Jest to zabieg, w którym pacjent znajduje się w pozycji leżącej. W odbyt z dużą delikatnością i precyzją zostaje włożona rurką z, której pod ciśnieniem wypływa woda o temperaturze 22-38 st C.

Podczas wykonywania zabiegu kilka razy przepłukuje się jelito w celu opróżnienia go z treści kałowej. Po zakończeniu tych czynności wykonuje się wlewkę odkażającą w tym czasie pacjent musi przyjąć doustny probiotyk, którego celem jest przywrócenie naturalnej flory bakteryjnej. Poprzez wykonanie hydrokolonoteraopii można usunąć złogi pokarmowe z jelita grubego.

Dzięki przeprowadzeniu takiego zabiegu pacjent z pewnością odczuje dużą ulgę, a także pozbędzie się zaparć.

Dzięki przeprowadzeniu takiego oczyszczania poprawi się praca narządów wewnętrznych, nastąpi pobudzenie ruchów robaczkowych jelit,  pomaga w leczeniu zaparć oraz wzdęć. Hydrokolonoterapię stosuje się również w przypadku leczenia raka jelita grubego oraz alergii żywnościowych, w takich przypadkach stosuje się ją przed wykonaniem kolonoskopii.